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Koukos, Panagiotis I.
72
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1
The HADDOCK2.4 web server for integrative modeling of biomo..:
Honorato, Rodrigo V.
;
Trellet, Mikael E.
;
Jiménez-García, Brian
...
Nature Protocols. , 2024
Link:
https://doi.org/10.1038/..
?
2
Martini 3 Force Field Parameters for Protein Lipidation Pos..:
Koukos, Panagiotis I.
;
Dehghani-Ghahnaviyeh, Sepehr
;
Velez-Vega, Camilo
...
Journal of Chemical Theory and Computation. , 2023
Link:
https://doi.org/10.1021/..
?
3
A novel antifolate suppresses growth of FPGS-deficient cell..:
van der Krift, Felix
;
Zijlmans, Dick W
;
Shukla, Rhythm
...
Life Science Alliance. 6 (2023) 11 - p. e202302058 , 2023
Link:
https://doi.org/10.26508..
?
4
Pathogen-sugar interactions revealed by universal saturatio..:
Buchanan, Charles J.
;
Gaunt, Ben
;
Harrison, Peter J.
...
Science. 377 (2022) 6604 - p. , 2022
Link:
https://doi.org/10.1126/..
?
5
Structural Biology in the Clouds: The WeNMR-EOSC Ecosystem:
Honorato, Rodrigo V.
;
Koukos, Panagiotis I.
;
Jiménez-García, Brian
...
Frontiers in Molecular Biosciences. 8 (2021) - p. , 2021
Link:
https://doi.org/10.3389/..
?
6
MENSAdb: a thorough structural analysis of membrane protein..:
Matos-Filipe, Pedro
;
Preto, António J
;
Koukos, Panagiotis I
...
Database. 2021 (2021) - p. , 2021
Link:
https://doi.org/10.1093/..
?
7
Shape-Restrained Modeling of Protein–Small-Molecule Complex..:
Koukos, Panagiotis I.
;
Réau, Manon
;
Bonvin, Alexandre M. J. J.
Journal of Chemical Information and Modeling. 61 (2021) 9 - p. 4807-4818 , 2021
Link:
https://doi.org/10.1021/..
?
8
A click-flipped enzyme substrate boosts the performance of ..:
Schwarz, Markus
;
Skrinjar, Philipp
;
Fink, Michael J.
...
Chemical Science. 11 (2020) 47 - p. 12671-12676 , 2020
Link:
https://doi.org/10.1039/..
?
9
An overview of data‐driven HADDOCK strategies in CAPRI roun..:
Koukos, Panagiotis I.
;
Roel‐Touris, Jorge
;
Ambrosetti, Francesco
...
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 88 (2020) 8 - p. 1029-1036 , 2020
Link:
https://doi.org/10.1002/..
?
10
PRODIGY-crystal: a web-tool for classification of biologica..:
Jiménez-García, Brian
;
Elez, Katarina
;
Koukos, Panagiotis I
...
Bioinformatics. 35 (2019) 22 - p. 4821-4823 , 2019
Link:
https://doi.org/10.1093/..
?
11
Coupling enhanced sampling of the apo-receptor with templat..:
Basciu, Andrea
;
Koukos, Panagiotis I.
;
Malloci, Giuliano
..
Journal of Computer-Aided Molecular Design. 34 (2019) 2 - p. 149-162 , 2019
Link:
https://doi.org/10.1007/..
?
12
A Membrane Protein Complex Docking Benchmark:
Koukos, Panagiotis I.
;
Faro, Inge
;
van Noort, Charlotte W.
.
Journal of Molecular Biology. 430 (2018) 24 - p. 5246-5256 , 2018
Link:
https://doi.org/10.1016/..
?
13
Protein–ligand pose and affinity prediction: Lessons from D..:
Koukos, Panagiotis I.
;
Xue, Li C.
;
Bonvin, Alexandre M. J. J.
Journal of Computer-Aided Molecular Design. 33 (2018) 1 - p. 83-91 , 2018
Link:
https://doi.org/10.1007/..
?
14
Membrane proteins structures: A review on computational mod..:
Almeida, Jose G.
;
Preto, Antonio J.
;
Koukos, Panagiotis I.
..
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes. 1859 (2017) 10 - p. 2021-2039 , 2017
Link:
https://doi.org/10.1016/..
?
15
Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–l..:
Kurkcuoglu, Zeynep
;
Koukos, Panagiotis I.
;
Citro, Nevia
...
Journal of Computer-Aided Molecular Design. 32 (2017) 1 - p. 175-185 , 2017
Link:
https://doi.org/10.1007/..
1-15