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Mahajan, Sai Pooja
191
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1
Fast, accurate antibody structure prediction from deep lear..:
Ruffolo, Jeffrey A.
;
Chu, Lee-Shin
;
Mahajan, Sai Pooja
.
Nature Communications. 14 (2023) 1 - p. , 2023
Link:
https://doi.org/10.1038/..
?
2
Simultaneous prediction of antibody backbone and side-chain..:
Akpinaroglu, Deniz
;
Ruffolo, Jeffrey A.
;
Mahajan, Sai Pooja
..
PLOS ONE. 17 (2022) 6 - p. e0258173 , 2022
Link:
https://doi.org/10.1371/..
?
3
Hallucinating structure-conditioned antibody libraries for ..:
Mahajan, Sai Pooja
;
Ruffolo, Jeffrey A.
;
Frick, Rahel
.
Frontiers in Immunology. 13 (2022) - p. , 2022
Link:
https://doi.org/10.3389/..
?
4
Induced fit with replica exchange improves protein complex ..:
Harmalkar, Ameya
;
Mahajan, Sai Pooja
;
Gray, Jeffrey J.
.
PLOS Computational Biology. 18 (2022) 6 - p. e1010124 , 2022
Link:
https://doi.org/10.1371/..
?
5
Structural Basis for Peptide Substrate Specificities of Gly..:
Mahajan, Sai Pooja
;
Srinivasan, Yashes
;
Labonte, Jason W.
..
ACS Catalysis. 11 (2021) 5 - p. 2977-2991 , 2021
Link:
https://doi.org/10.1021/..
?
6
Geometric potentials from deep learning improve prediction ..:
Ruffolo, Jeffrey A
;
Guerra, Carlos
;
Mahajan, Sai Pooja
..
Bioinformatics. 36 (2020) Supplement_1 - p. i268-i275 , 2020
Link:
https://doi.org/10.1093/..
?
7
Deep Learning in Protein Structural Modeling and Design:
Gao, Wenhao
;
Mahajan, Sai Pooja
;
Sulam, Jeremias
.
Patterns. 1 (2020) 9 - p. 100142 , 2020
Link:
https://doi.org/10.1016/..
?
8
The structure of the colorectal cancer-associated enzyme Ga..:
Fernandez, Amy J.
;
Daniel, Earnest James Paul
;
Mahajan, Sai Pooja
...
Proceedings of the National Academy of Sciences. 116 (2019) 41 - p. 20404-20410 , 2019
Link:
https://doi.org/10.1073/..
?
9
The structure of the colorectal cancer-associated enzyme Ga..:
Fernandez, Amy J.
;
Daniel, Earnest James Paul
;
Mahajan, Sai Pooja
...
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116 (2019) 41 - p. 20404-20410 , 2019
Link:
https://www.jstor.org/st..
?
10
Computational affinity maturation of camelid single-domain ..:
Mahajan, Sai Pooja
;
Meksiriporn, Bunyarit
;
Waraho-Zhmayev, Dujduan
...
Scientific Reports. 8 (2018) 1 - p. , 2018
Link:
https://doi.org/10.1038/..
?
11
Tilting the Balance between Canonical and Noncanonical Conf..:
Mahajan, Sai Pooja
;
Velez-Vega, Camilo
;
Escobedo, Fernando A.
The Journal of Physical Chemistry B. 117 (2012) 1 - p. 13-24 , 2012
Link:
https://doi.org/10.1021/..
?
12
Supplemental data for Contextual protein and antibody encod..:
Mahajan, Sai Pooja
;
Ruffolo, Jeffrey A
;
Gray, Jeffrey A
doi:10.1101/2023.07.15.549154. , 2023
Link:
https://zenodo.org/recor..
?
13
Training data for IgFold:
Ruffolo, Jeffrey
;
Chu, Lee-Shin
;
Mahajan, Sai Pooja
.
doi:10.5281/zenodo.7820262. , 2023
Link:
https://zenodo.org/recor..
?
14
Predicted structures for comparison with IgFold:
Ruffolo, Jeffrey A
;
Chu, Lee-Shin
;
Mahajan, Sai Pooja
.
doi:10.5281/zenodo.7677722. , 2023
Link:
https://zenodo.org/recor..
?
15
Structure conditioned hallucinated CDR sequences:
Mahajan, Sai Pooja
doi:10.5281/zenodo.7076477. , 2022
Link:
https://zenodo.org/recor..
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